AT4G28050.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.997 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : tetraspanin7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Member of TETRASPANIN family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
tetraspanin7 (TET7); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: aging; LOCATED IN: endomembrane system, integral to membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tetraspanin (InterPro:IPR018499), Tetraspanin, conserved site (InterPro:IPR018503), Tetraspanin, subgroup (InterPro:IPR000301); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: tetraspanin8 (TAIR:AT2G23810.1); Has 591 Blast hits to 589 proteins in 60 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 150; Fungi - 0; Plants - 430; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 11 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:13942566..13943621 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 29933.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 263 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVQCSNNLLG ILNFFTFLLS IPILSAGIWL GKNAATECER FLDKPMVVLG IFLMFVSIAG LVGACCRVSC LLWLYLFAMF LLILLGFCFT IFAFAVTNRG 101: AGEVISDRGY KEYHVADYSN WLQKRVNNAK NWERIRSCLM YSDVCSTYRT RYASINVEDF YKSNLNALQS GCCKPSNDCN FTYVNPTTWT KTPGPYKNED 201: CNVWDNKPGT LCYDCEACKA GLLDNIKNSW KKVAKVNIVF LIFLIIVYSV GCCAFRNNRK RSW |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)