AT1G10940.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Protein kinase superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a plant protein kinase similar to the calcium/calmodulin-dependent protein kinase subfamily and the SNF1 kinase subfamily (SnRK2) whose activity is activated by ionic (salt) and non-ionic (mannitol) osmotic stress. Kinase activity of its homolog in tobacco is induced by hyperosmotic condition within 1 minute. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SNF1-related protein kinase 2.4 (SNRK2.4); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Serine/threonine-protein kinase domain (InterPro:IPR002290), Serine/threonine-protein kinase-like domain (InterPro:IPR017442), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Calcium/calmodulin-dependent protein kinase-like (InterPro:IPR020636), Serine/threonine-protein kinase-like, plant (InterPro:IPR015740); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SNF1-related protein kinase 2.10 (TAIR:AT1G60940.2); Has 111412 Blast hits to 109617 proteins in 3021 species: Archae - 114; Bacteria - 12857; Metazoa - 41430; Fungi - 12032; Plants - 25317; Viruses - 521; Other Eukaryotes - 19141 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:3656050..3658170 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41171.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 363 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDKYELVKDI GAGNFGVARL MKVKNSKELV AMKYIERGPK IDENVAREII NHRSLRHPNI IRFKEVVLTP THLAIAMEYA AGGELFERIC SAGRFSEDEA 101: RYFFQQLISG VSYCHAMQIC HRDLKLENTL LDGSPAPRLK ICDFGYSKSS LLHSRPKSTV GTPAYIAPEV LSRREYDGKM ADVWSCGVTL YVMLVGAYPF 201: EDQEDPKNFR KTIQKIMAVQ YKIPDYVHIS QDCKNLLSRI FVANSLKRIT IAEIKKHSWF LKNLPRELTE TAQAAYFKKE NPTFSLQTVE EIMKIVADAK 301: TPPPVSRSIG GFGWGGNGDA DGKEEDAEDV EEEEEEVEEE EDDEDEYDKT VKEVHASGEV RIS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)