AT5G08590.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SNF1-related protein kinase 2.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a member of SNF1-related protein kinases (SnRK2) whose activity is activated by ionic (salt) and non-ionic (mannitol) osmotic stress. Similar to the calcium/calmodulin-dependent protein kinase subfamily and the SNF1 kinase subfamily. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SNF1-related protein kinase 2.1 (SNRK2.1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Serine/threonine-protein kinase domain (InterPro:IPR002290), Serine/threonine-protein kinase-like domain (InterPro:IPR017442), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Calcium/calmodulin-dependent protein kinase-like (InterPro:IPR020636), Serine/threonine-protein kinase-like, plant (InterPro:IPR015740); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SNF1-related protein kinase 2.5 (TAIR:AT5G63650.1); Has 111442 Blast hits to 109710 proteins in 3187 species: Archae - 120; Bacteria - 13026; Metazoa - 41713; Fungi - 12000; Plants - 24961; Viruses - 485; Other Eukaryotes - 19137 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:2783537..2785869 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40199.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.95 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 353 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDKYDVVKDL GAGNFGVARL LRHKDTKELV AMKYIERGRK IDENVAREII NHRSLKHPNI IRFKEVILTP THLAIVMEYA SGGELFDRIC TAGRFSEAEA 101: RYFFQQLICG VDYCHSLQIC HRDLKLENTL LDGSPAPLLK ICDFGYSKSS ILHSRPKSTV GTPAYIAPEV LSRREYDGKH ADVWSCGVTL YVMLVGAYPF 201: EDPNDPKNFR KTIQRIMAVQ YKIPDYVHIS QECKHLLSRI FVTNSAKRIT LKEIKNHPWY LKNLPKELLE SAQAAYYKRD TSFSLQSVED IMKIVGEARN 301: PAPSTSAVKS SGSGADEEEE EDVEAEVEEE EDDEDEYEKH VKEAQSCQES DKA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)