AT3G02630.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : Plant stearoyl-acyl-carrier-protein desaturase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
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Computational Description (TAIR10) |
Plant stearoyl-acyl-carrier-protein desaturase family protein; FUNCTIONS IN: acyl-[acyl-carrier-protein] desaturase activity, oxidoreductase activity, transition metal ion binding; INVOLVED IN: oxidation reduction, fatty acid metabolic process, fatty acid biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast, chloroplast stroma; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribonucleotide reductase-related (InterPro:IPR012348), Ferritin/ribonucleotide reductase-like (InterPro:IPR009078), Fatty acid desaturase, type 2 (InterPro:IPR005067); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Plant stearoyl-acyl-carrier-protein desaturase family protein (TAIR:AT5G16240.1); Has 934 Blast hits to 926 proteins in 218 species: Archae - 0; Bacteria - 428; Metazoa - 2; Fungi - 0; Plants - 447; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 57 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr3:+:562164..564524 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 45305.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 6.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 396 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAMAMDRIVF SPSSYVYRPC QARGSRSSRV SMASTIRSAT TEVTNGRKLY IPPREVHVQV KHSMPPQKLE IFKSLEGWAD ETLLTYLKPV EKSWQPTDFL 101: PEPESEGFYD QVKELRERCK ELPDDYFVVL VGDMITEEAL PTYQTMLNTL DGVRDETGAS PTPWAIWTRA WTAEENRHGD LLNKYLYLSG RVDMRQIEKT 201: IQYLIGSGMD PKTENNPYLG FIYTSFQERA TFISHGNTAR LAKDRGDLKL AQICGTIAAD ERRHETAYTK IVEKLFEIDP DGTILGLADM MKKKISMPAH 301: LMYDGQDDNL FEHFSTVAQR LGVYTAKDYA DILEFLVERW NVETLTDLSS EGHRAQDFVC GLPARIRKIE ERAQGRAKEA AKNIPFSWIF GRNIRA |
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See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)