AT5G62630.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.954 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : hipl2 protein precursor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
hipl2 protein precursor (HIPL2); FUNCTIONS IN: catalytic activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: anchored to plasma membrane, plasma membrane, anchored to membrane; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Soluble quinoprotein glucose/sorbosone dehydrogenase (InterPro:IPR011041), Folate receptor, conserved region (InterPro:IPR018143), Six-bladed beta-propeller, TolB-like (InterPro:IPR011042); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: catalytics (TAIR:AT1G74790.1); Has 3498 Blast hits to 3492 proteins in 823 species: Archae - 55; Bacteria - 1934; Metazoa - 143; Fungi - 4; Plants - 281; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1081 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:25143719..25146390 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 75621.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 696 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAKTNQAITI CSLLLLLLLS ETTSHLLCSD SKTPVNNNET LQFCDSYKER SCCNSKDDLQ LQNRFNSMNI SDSNCSSLLK SILCSKCDEF SGQLFGDDDS 101: SLVPILCNST SQDLCSKLWD SCQNISIVSS PFSPTLLGGA TSPSTSSNSS TLTDLWKSQT EFCTAFGGPS QTNNNKTKCF NGEPVNRDTS DDDEDDVKTP 201: KGICLEKIGT GSYLNMVAHP DGSNRAFFSN QPGKIWLGTI PDQDSGKPME IDESTPFVDI TDQVSFDTQF GMMGMAFHPK FAENGRFFAS FNCDKVKSPG 301: CSGRCACNSD VNCDPSKLPK DDGTTPCRYQ TVVSEYTANG TSSSPSTAKI GKASEVRRIF TMGLPYSSSH GGQILFGPDG YLYLMTGDGG GVSDTHNFAQ 401: NKKSLLGKIL RLDVDVMPSV SEISKLGLWG NYSIPKNNPF QGNENEQPEI WALGLRNPWR CSFDSERPDY FLCADVGKDT YEEVDIITMG GNYGWRTYEG 501: PYVFSPLSPF GENVSSDSNL TFPILGYNHS EVNKHEGSAS IIGGYFYRSN TDPCSYGTYL YADLYANAMW AAIESPEDSG NFTDSLIPFS CSKDSPMKCT 601: AAPGGASSGP ALGYIYSFGQ DNNKDIHLLT SSGVYRIVRP SRCNLACSKE NTTASAGKQN PAGSAPPQPL PSSARKLCFS VFLLLSLLMM FLTLLD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)