AT1G76900.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.572 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : tubby like protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Member of TLP family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
tubby like protein 1 (TLP1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810), Tubby, C-terminal, conserved site (InterPro:IPR018066), Tubby, C-terminal (InterPro:IPR000007); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: tubby like protein 10 (TAIR:AT1G25280.1); Has 1519 Blast hits to 1116 proteins in 153 species: Archae - 0; Bacteria - 107; Metazoa - 432; Fungi - 111; Plants - 488; Viruses - 57; Other Eukaryotes - 324 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:28882741..28884377 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 51197.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 455 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSFRSIVRDV RDSIGSLSRR SFDFKLSSLN KEGGKSRGSV QDSHEEQLVV TIQETPWANL PPELLRDVIK RLEESESVWP ARRHVVACAS VCRSWRDMCK 101: EIVQSPELSG KITFPVSLKQ PGPRDATMQC FIKRDKSNLT YHLYLCLSPA LLVENGKFLL SAKRIRRTTY TEYVISMHAD TISRSSNTYI GKIRSNFLGT 201: KFIIYDTQPA YNSNIARAVQ PVGLSRRFYS KRVSPKVPSG SYKIAQVSYE LNVLGTRGPR RMHCAMNSIP ASSLAEGGTV PGQPDIIVPR SILDESFRSI 301: TSSSSRKITY DYSNDFSSAR FSDILGPLSE DQEVVLEEGK ERNSPPLVLK NKPPRWHEQL QCWCLNFRGR VTVASVKNFQ LIAANQPQPQ PQPQPQPQPL 401: TQPQPSGQTD GPDKIILQFG KVGKDMFTMD FRYPLSAFQA FAICLSSFDT KLACE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)