AT5G62460.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/FYVE/PHD zinc finger superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RING/FYVE/PHD zinc finger superfamily protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF3675 (InterPro:IPR022143), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957), Zinc finger, RING-CH-type (InterPro:IPR011016); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/FYVE/PHD zinc finger superfamily protein (TAIR:AT3G47550.6); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:25075545..25077072 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33661.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 307 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MADDQSSSTD RLVKPESLNS DRGSNQSIES SGESSRAQGS TSLSTTKSMD GKKTEEEETT EQRDVDDEEE PLIQSVECRI CQEEDSVKNL ESPCSCSGSL 101: KYAHRKCVQR WCNEKGDTTC EICHKSYQPG YTAPPPPPAD DTIIDIGEDW GNGVHLDLND PRILAMAAAE RHFFDADYDE YADSNSSGAA FCRSAALILM 201: ALLLLRHALN LTNNNSDDEE DDPSAFFFLF MLRAAGFLLP CYIMAWAISI LQRRRQRQEA AALAAAEVAF MLHSGGGGGG QRRGGLHFAV PPELISNPHH 301: QPEASPQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)