AT5G51070.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Clp ATPase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
ATP-dependent Clp protease regulatory subunit | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
EARLY RESPONSIVE TO DEHYDRATION 1 (ERD1); FUNCTIONS IN: nucleoside-triphosphatase activity, ATPase activity, nucleotide binding, ATP binding; INVOLVED IN: response to water deprivation; LOCATED IN: chloroplast stroma, chloroplast, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Clp ATPase, C-terminal (InterPro:IPR019489), ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ATPase, AAA-2 (InterPro:IPR013093), ATPase, AAA-type, core (InterPro:IPR003959), Chaperonin clpA/B (InterPro:IPR001270), Chaperonin ClpA/B, conserved site (InterPro:IPR018368), Clp, N-terminal (InterPro:IPR004176); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: CLPC homologue 1 (TAIR:AT5G50920.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:20764479..20768481 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 103241.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 945 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEVLSTSSPL TLHSHRLLSA SSSSSHVTSI AASSLSSFAS SYLGISLSNR TIHRFSTTPT NLRRFPQRKR KKFTPISAVF ERFTERAIRA IIFSQKEAKS 101: LGKDMVYTQH LLLGLIAEDR DPQGFLGSGI TIDKAREAVW SIWDEANSDS KQEEASSTSY SKSTDMPFSI STKRVFEAAV EYSRTMDCQY IAPEHIAVGL 201: FTVDDGSAGR VLKRLGANMN LLTAAALTRL KGEIAKDGRE PSSSSKGSFE SPPSGRIAGS GPGGKKAKNV LEQFCVDLTA RASEGLIDPV IGREKEVQRV 301: IQILCRRTKN NPILLGEAGV GKTAIAEGLA ISIAEASAPG FLLTKRIMSL DIGLLMAGAK ERGELEARVT ALISEVKKSG KVILFIDEVH TLIGSGTVGR 401: GNKGSGLDIA NLLKPSLGRG ELQCIASTTL DEFRSQFEKD KALARRFQPV LINEPSEEDA VKILLGLREK YEAHHNCKYT MEAIDAAVYL SSRYIADRFL 501: PDKAIDLIDE AGSRARIEAF RKKKEDAICI LSKPPNDYWQ EIKTVQAMHE VVLSSRQKQD DGDAISDESG ELVEESSLPP AAGDDEPILV GPDDIAAVAS 601: VWSGIPVQQI TADERMLLMS LEDQLRGRVV GQDEAVAAIS RAVKRSRVGL KDPDRPIAAM LFCGPTGVGK TELTKALAAN YFGSEESMLR LDMSEYMERH 701: TVSKLIGSPP GYVGFEEGGM LTEAIRRRPF TVVLFDEIEK AHPDIFNILL QLFEDGHLTD SQGRRVSFKN ALIIMTSNVG SLAIAKGRHG SIGFILDDDE 801: EAASYTGMKA LVVEELKNYF RPELLNRIDE IVIFRQLEKA QMMEILNLML QDLKSRLVAL GVGLEVSEPV KELICKQGYD PAYGARPLRR TVTEIVEDPL 901: SEAFLAGSFK PGDTAFVVLD DTGNPSVRTK PDSSTIRVTD KTSIA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)