AT5G13800.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : pheophytinase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a pheophytinase that is involved in chlorophyll breakdown. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
pheophytinase (PPH); FUNCTIONS IN: hydrolase activity, pheophytinase activity; INVOLVED IN: chlorophyll catabolic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Alpha/beta hydrolase fold-1 (InterPro:IPR000073); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: alpha/beta-Hydrolases superfamily protein (TAIR:AT4G36530.2); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:4452063..4454141 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 54574.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 484 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEIISLNVVP QCSVVTWSSK LATKRLVPNR SSLLFSGVKK SRLVIRSGNS DGYVVGENDD LGRIARRGES TSKVLIPGLP DESNGEIAAR ISHSHCEWKP 101: KLRVHYEKAG CDNLDAPAVL FLPGFGVGSF HYEKQLTDLG RDYRVWAIDF LGQGLSLPTE DPTTMTEETS SSEDKEPFWG FGDKTEPWAD QLVFSLDLWR 201: DQVQYFVEEV IGEPVYIAGN SLGGYVALYF AATHPHLVKG VTLLNATPFW GFFPNPVRSP KLARLFPWPG AFPLPERVKK ITELVWQKIS DPESIAEILK 301: QVYTDHSINV DKVFSRIVEV TQHPAAAASF ASIMLAPGGE LSFSEALSRC KENNVQICLM YGREDPWVRP LWGKKIKKEI PNAPYYEISP AGHCPHDEVP 401: EVVNYLMRGW IKHLESGGFE ALPLLEDTEE DWEESRIGRE IEFPRDGWKK AVNLWLYGSN YTYWRGVRES FRSSFIRVFG GKSA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)