AT5G41580.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RING/U-box superfamily protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, MIZ-type (InterPro:IPR004181); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: zinc ion binding;zinc ion binding (TAIR:AT1G08910.1); Has 2409 Blast hits to 1813 proteins in 283 species: Archae - 4; Bacteria - 96; Metazoa - 1110; Fungi - 536; Plants - 146; Viruses - 31; Other Eukaryotes - 486 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:16626563..16630659 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 83113.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.74 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 760 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSTAAAARPV AGTGLREKTA ASLVNSFRLA SVTQRLRYHI QDGAKVDPKE FQICCISFAK GIDFAIANND IPKKVEEFPW LLKQLCRHGT DVYTKTALMV 101: LMISVKHACH LGWFSDSESQ ELIALADEIR TCFGSSGSTS PGIKSPGSTF SQIMERFYPF VKLGHVLVSF EVKAGYTMLA HDFYISKNMP HSLQEKIRLF 201: VAQTDNIDTS ACISNPPEVS FLLNGKGVEK RVNIAMDTGP QLPTNVTAQL KYGTNLLQVM GNFKGNYIII IAFTGLVVPP EKPVLKDYLQ SGVIEASPDS 301: DIIEGPSRVS LSCPISRKRI KLPVKGQLCK HLQCFDFSNY VHINMRNPTW RCPHCNQPVC YPDIRLDQNM AKILKDVEHN AADVIIDAGG TWKVTKNTGE 401: TPEPVREIIH DLEDPMSLLN SGPVVFDLTG DDDAELEVFG DNKVEDRKPC MSDAQGQSNN NNTNKHPSND DYSSIFDISD VIALDPEILS ALGNTAPQPH 501: QASNTGTGQQ YSNLSQIPMS IDPMPVPVPF SQTPSPRDRP ATTSTVFTIP NPSPQYSQVH ASPVTPTGTY LGRTTSPRWN QTYQSQAPPM TTPYTSRKVS 601: VPVTSQSPAN VSSFVQSQHV PRVLSQPNNY GVRGLTSSHA STSRQHPSGP TVQSVSRLSD LVDVDLTVPD TSNWRPRMRG SLVPGSHSTA LDHMIIRPSQ 701: QSQTSTRLNS SQPVQTPSVQ TSQAQSPFTT AAYRTETVLG NRNHPVPAPP GIVRPTGPTS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)