AT5G03740.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : histone deacetylase 2C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
HD2-type histone deacetylase HDAC. Involved in the ABA and stress responses. Mediates transcriptional repression | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
histone deacetylase 2C (HD2C); FUNCTIONS IN: histone deacetylase activity, transcription repressor activity, zinc ion binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: response to water deprivation, response to salt stress, response to abscisic acid stimulus; LOCATED IN: nucleolus; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, C2H2-like (InterPro:IPR015880), Zinc finger, C2H2-type (InterPro:IPR007087); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: histone deacetylase 3 (TAIR:AT3G44750.2); Has 47549 Blast hits to 20091 proteins in 1212 species: Archae - 111; Bacteria - 17827; Metazoa - 12467; Fungi - 4889; Plants - 1882; Viruses - 518; Other Eukaryotes - 9855 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:981994..983961 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 31831.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 294 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEFWGVEVKN GKPLHLDPGL DRLVHISQVA LGESKNNVTE PIQLYVTVGS DKLLIGTLSH EKFPQLSTEI VLERNFALSH TWKNGSVFFS GYKVDASDPE 101: PEDLIDDQLE AAGFKAAPKS AAKQVNFQLP NEDVKAKQDD DADGSEEDSS DDDDSENSGD EEEEKVTAES DSEEDDSSDD EEDDSSEEET PKKPEEPKKR 201: SAEPNSSKNP ASNKKAKFVT PQKTDSKKPH VHVATPHPSK QAGKNSGGGS TGETSKQQQT PKSAGAFGCK SCTRTFTSEM GLQSHTKAKH SAAA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)