AT4G32720.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : La protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes AtLa1, a member of the highly abundant phosphoprotein La proteins. Predominantly localized to the nucleoplasm and was also detected in the nucleolar cavity. Has RNA binding activity. Required for normal ribosome biogenesis and embryogenesis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
La protein 1 (La1); FUNCTIONS IN: RNA binding; INVOLVED IN: embryo development, ribosome biogenesis; LOCATED IN: nucleoplasm, cell wall; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (InterPro:IPR011991), RNA-binding protein Lupus La (InterPro:IPR006630), Lupus La protein (InterPro:IPR002344), RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677), RNA-binding motif (InterPro:IPR014886); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA recognition motif (RRM)-containing protein (TAIR:AT1G79880.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:15787313..15789683 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48098.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 433 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSIPCLTEET AKTVLRQVEF YFSDSNLPID DFLKKTVTES EDGLVSLALI CSFSKMRGYL KLGDSKGDDI PEDTIKAVAD TLRTSSALKI SDDGKKVGRS 101: TELLKLEDLI EQLNARTVAA SPFSYDVKRE DVESFFSQYG KVNSVRMPRH VAESRIFSGV ALVEFPTEED AQNVMKQNLV FAGQELELKP KKEFDNEREK 201: DEVKFANYQP QKGSANQKNG SDHKNNSAYE PDYPKGLIIS FTLKRSAEEG TTEQKSSEEP TDKTMEESET KPADTPDADK ENTGEVQAEG AEDEDDEKEE 301: KGALATHKDN KDVVLREDLK AVFGKFGDVK FVDFKMGSET GYLRFDEPEA SQKARAAAVL ANEGGLAVKN FIAVLEPVIG EAEKEYWTLL RSKDRFDKGG 401: RGGRGGRRGG RFGRKRGSDS PGGRWNKSQK VEA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)