AT4G36990.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : heat shock factor 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a protein whose sequence is similar to heat shock factors that regulate the expression of heat shock proteins. Transcript level is increased in response to heat shock. However, overexpression of this gene did not result in the increase of decrease of heat shock proteins. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
heat shock factor 4 (HSF4); FUNCTIONS IN: transcription repressor activity, DNA binding, sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: response to cyclopentenone, response to heat; LOCATED IN: nucleus; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (InterPro:IPR011991), Heat shock factor (HSF)-type, DNA-binding (InterPro:IPR000232); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: heat shock transcription factor B2A (TAIR:AT5G62020.1); Has 2101 Blast hits to 2087 proteins in 226 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 340; Fungi - 475; Plants - 774; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 510 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:17440660..17441706 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 31329.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 284 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTAVTAAQRS VPAPFLSKTY QLVDDHSTDD VVSWNEEGTA FVVWKTAEFA KDLLPQYFKH NNFSSFIRQL NTYGFRKTVP DKWEFANDYF RRGGEDLLTD 101: IRRRKSVIAS TAGKCVVVGS PSESNSGGGD DHGSSSTSSP GSSKNPGSVE NMVADLSGEN EKLKRENNNL SSELAAAKKQ RDELVTFLTG HLKVRPEQID 201: KMIKGGKFKP VESDEESECE GCDGGGGAEE GVGEGLKLFG VWLKGERKKR DRDEKNYVVS GSRMTEIKNV DFHAPLWKSS KVCN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)