AT4G31400.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.997 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : damaged DNA binding;DNA-directed DNA polymerases | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes CTF7, a homolog of the yeast CTF protein required for the formation of sister chromatid cohesion. Arabidopsis CTF7 is similar to Saccharomyces cerevisiae CTF7 in that it lacks an N-terminal extension, exhibits acetyltransferase activity, and can complement a yeast ctf7 temperature-sensitive mutation. Arabidopsis CTF7 is critical for female gametophyte and embryo development, but not for the establishment of mitotic cohesion during microgametogenesis or during endosperm development. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
CTF7; FUNCTIONS IN: damaged DNA binding, DNA-directed DNA polymerase activity; INVOLVED IN: sister chromatid cohesion, embryo sac development, embryo development; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA-repair protein, UmuC-like (InterPro:IPR001126); Has 328 Blast hits to 327 proteins in 141 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 149; Fungi - 104; Plants - 43; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 30 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:15237411..15239266 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38990.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 345 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQAKINSFFK PSSSSSIAAS VTTDTDDGLA VWENNRNAIV NTYQRRSAIT ERSEVLKGCI EKTLKKGSSS VPKNHKKKRN YTQFHLELGQ SDFLLRHCAE 101: CGAKYAPGDE LDEKNHQSFH KDYMYGLPFK GWQNEKAFTS PLFIKNRIVM VSENDSPAHR NKVQEVVKMM EVELGEDWIL HQHCKVYLFI SSQRISGCLV 201: AEPIKEAFKL IASPDDERQL QKESSSSPST SIQFGNIVLQ REVSKRCRTS DDRLDNGVIV CEEEAKPAVC GIRAIWVSPS NRRKGIATWL LDTTRESFCN 301: NGCMLEKSQL AFSQPSSIGR SFGSKYFGTC SFLLYKAQLI DTHFS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)