AT5G24330.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ARABIDOPSIS TRITHORAX-RELATED PROTEIN 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a SET-domain protein, a H3K27 monomethyltransferases required for chromatin structure and gene silencing. Regulates heterochromatic DNA replication. Contains a PCNA-binding domain. ATXR6 accumulates preferentially during the late G1 or S phase, suggesting that it plays a role in cell-cycle regulation or progression. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ARABIDOPSIS TRITHORAX-RELATED PROTEIN 6 (ATXR6); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SET domain (InterPro:IPR001214), Zinc finger, PHD-type, conserved site (InterPro:IPR019786), Zinc finger, PHD-type (InterPro:IPR001965), Zinc finger, FYVE/PHD-type (InterPro:IPR011011), Zinc finger, PHD-finger (InterPro:IPR019787); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ARABIDOPSIS TRITHORAX-RELATED PROTEIN 5 (TAIR:AT5G09790.2); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:8295245..8296997 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39642.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 349 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVAVRRRRTQ ASNPRSEPPQ HMSDHDSDSD WDTVCEECSS GKQPAKLLLC DKCDKGFHLF CLRPILVSVP KGSWFCPSCS KHQIPKSFPL IQTKIIDFFR 101: IKRSPDSSQI SSSSDSIGKK RKKTSLVMSK KKRRLLPYNP SNDPQRRLEQ MASLATALRA SNTKFSNELT YVSGKAPRSA NQAAFEKGGM QVLSKEGVET 201: LALCKKMMDL GECPPLMVVF DPYEGFTVEA DRFIKDWTII TEYVGDVDYL SNREDDYDGD SMMTLLHASD PSQCLVICPD RRSNIARFIS GINNHSPEGR 301: KKQNLKCVRF NINGEARVLL VANRDISKGE RLYYDYNGYE HEYPTEHFV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)