AT4G30700.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein (TAIR:AT4G33990.1); Has 41014 Blast hits to 14356 proteins in 276 species: Archae - 0; Bacteria - 8; Metazoa - 149; Fungi - 107; Plants - 40176; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 574 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:14962617..14964995 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 88782.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 792 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLLRTVSSAT AETTAALISK NTYLDFFKRS TSISHLAQTH AQIILHGFRN DISLLTKLTQ RLSDLGAIYY ARDIFLSVQR PDVFLFNVLM RGFSVNESPH 101: SSLSVFAHLR KSTDLKPNSS TYAFAISAAS GFRDDRAGRV IHGQAVVDGC DSELLLGSNI VKMYFKFWRV EDARKVFDRM PEKDTILWNT MISGYRKNEM 201: YVESIQVFRD LINESCTRLD TTTLLDILPA VAELQELRLG MQIHSLATKT GCYSHDYVLT GFISLYSKCG KIKMGSALFR EFRKPDIVAY NAMIHGYTSN 301: GETELSLSLF KELMLSGARL RSSTLVSLVP VSGHLMLIYA IHGYCLKSNF LSHASVSTAL TTVYSKLNEI ESARKLFDES PEKSLPSWNA MISGYTQNGL 401: TEDAISLFRE MQKSEFSPNP VTITCILSAC AQLGALSLGK WVHDLVRSTD FESSIYVSTA LIGMYAKCGS IAEARRLFDL MTKKNEVTWN TMISGYGLHG 501: QGQEALNIFY EMLNSGITPT PVTFLCVLYA CSHAGLVKEG DEIFNSMIHR YGFEPSVKHY ACMVDILGRA GHLQRALQFI EAMSIEPGSS VWETLLGACR 601: IHKDTNLART VSEKLFELDP DNVGYHVLLS NIHSADRNYP QAATVRQTAK KRKLAKAPGY TLIEIGETPH VFTSGDQSHP QVKEIYEKLE KLEGKMREAG 701: YQPETELALH DVEEEERELM VKVHSERLAI AFGLIATEPG TEIRIIKNLR VCLDCHTVTK LISKITERVI VVRDANRFHH FKDGVCSCGD YW |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)