AT4G29890.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : choline monooxygenase, putative (CMO-like) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
choline monooxygenase, putative (CMO-like); FUNCTIONS IN: electron carrier activity, oxidoreductase activity, iron ion binding, 2 iron, 2 sulfur cluster binding; INVOLVED IN: oxidation reduction, cellular aromatic compound metabolic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain (InterPro:IPR017941), Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit (InterPro:IPR001663); Has 7402 Blast hits to 7400 proteins in 1015 species: Archae - 31; Bacteria - 4374; Metazoa - 10; Fungi - 153; Plants - 102; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2732 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:14608868..14610905 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 47726.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 422 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMTTLTATVP EFLPPSLKST RGYFNSHSEF GVSISKFSRR RFHNPTRVFA VSDISKLVTE FDPKIPLERA STPPSSWYTD PQFYSFELDR VFYGGWQAVG 101: YSDQIKESRD FFTGRLGDVD FVVCRDENGK IHAFHNVCSH HASILASGNG RKSCFVCLYH GWTYSLSGSL VKATRMSGIQ NFSLSEMGLK PLRVAVWGPF 201: VLLKVTAATS RKGEVETDEL VASEWLGTSV GRLSQGGVDS PLSYICRREY TIDCNWKVFC DNYLDGGYHV PYAHKGLMSG LDLETYSTTI FEKVSIQECG 301: GGSKVGEDGF DRLGSEALYA FVYPNFMINR YGPWMDTNLV LPLGPRKCKV VFDYFLDPSL KDDEAFIKRS LEESDRVQME DVMLCESVQR GLESQAYDKG 401: RYALVEKPMH HFHCLLHHNL KL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)