AT4G29730.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : nucleosome/chromatin assembly factor group C5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
cell cycle-related repressor genes encoding WD-repeat proteins. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
nucleosome/chromatin assembly factor group C5 (NFC5); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Histone-binding protein RBBP4 (InterPro:IPR022052), WD40 repeat 2 (InterPro:IPR019782), WD40 repeat, conserved site (InterPro:IPR019775), WD40 repeat (InterPro:IPR001680), WD40 repeat-like-containing domain (InterPro:IPR011046), WD40-repeat-containing domain (InterPro:IPR017986), WD40/YVTN repeat-like-containing domain (InterPro:IPR015943), WD40 repeat, subgroup (InterPro:IPR019781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Transducin family protein / WD-40 repeat family protein (TAIR:AT2G19520.1); Has 24856 Blast hits to 17343 proteins in 647 species: Archae - 12; Bacteria - 3162; Metazoa - 9403; Fungi - 5971; Plants - 3158; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3150 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:14559255..14562522 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 53997.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 487 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MESEAAATVQ ATRPRRAPRT PVTAILTDKR RRKPKSNNES QLPFLLQQSQ KATVDDTYSQ WKTLLPILYD SFVNHTLVWP SLSCRWGPQL EQAGSKTQRL 101: YLSEQTNGSV PNTLVIANCE TVNRQLNEKA HSPFVKKYKT IIHPGEVNRI RELPQNSKIV ATHTDSPDIL IWNTETQPDR YAVLGAPDSR PDLLLIGHQD 201: DAEFALAMCP TEPFVLSGGK DKSVILWNIQ DHITMAGSDS KSPGSSFKQT GEGSDKTGGP SVGPRGIYNG HKDTVEDVAF CPSSAQEFCS VGDDSCLMLW 301: DARTGTSPAM KVEKAHDADL HCVDWNPHDN NLILTGSADN TVRVFDRRNL TSNGVGSPVY KFEGHRAAVL CVQWSPDKSS VFGSSAEDGL LNIWDCDRVG 401: KKSERATKTP DGLFFQHAGH RDKVVDFHWS LLNPWTIVSV SDNCESIGGG GTLQIWRMSD LIYRPEDEVL TELEKFKSHV FTCTSKS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)