AT1G66530.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 0.558 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Arginyl-tRNA synthetase, class Ic | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Arginyl-tRNA synthetase, class Ic; FUNCTIONS IN: aminoacyl-tRNA ligase activity, nucleotide binding, arginine-tRNA ligase activity, ATP binding; INVOLVED IN: arginyl-tRNA aminoacylation, translation, tRNA aminoacylation for protein translation; LOCATED IN: cytoplasm; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site (InterPro:IPR001412), DALR anticodon binding (InterPro:IPR008909), Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold (InterPro:IPR014729), Arginyl-tRNA synthetase, class Ic, core (InterPro:IPR015945), Arginyl tRNA synthetase, class Ic, N-terminal (InterPro:IPR005148), Aminoacyl-tRNA synthetase, class 1a, anticodon-binding (InterPro:IPR009080), Arginyl-tRNA synthetase, class Ic (InterPro:IPR001278); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Arginyl-tRNA synthetase, class Ic (TAIR:AT4G26300.1); Has 9450 Blast hits to 9344 proteins in 2861 species: Archae - 249; Bacteria - 5610; Metazoa - 270; Fungi - 189; Plants - 83; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 3046 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:24819064..24822277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 66449.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 590 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATIVASKEF TGNPRRQLAK LFDVSLKLTV PDEPNVEPLI EPGKFGDYQC NNAMGLWSLI KGKGTQFRGP PAVGQALIQS LPTSEMVESC SIAGPGFVNV 101: VLSSKWMAKS IENMLVDGID TWAPTLSVKR AVVDFSSPNI AKEMHVGHLR STIIGDTLAR MLEYSKVEVL RRNHVGDWGT QFGMLIEFLF EKFPDTESVT 201: ETAIGDLQVF YRESKLKFDL NPEFKEKAQQ AVVRLQGGDP VYRQAWAKIC EISRNEFAKV YKRLRIELEE KGESFYNPYI ANVIEELSSK GLVEESKGAR 301: VIFIEGFKIP LIVVKSDGGF NYASTDLTAL WYRLNEEKAE WIIYVTDVGQ QQHFDMFFKA ARKAGWLPDD DKTYPRVSHV GFGLVLGDDN KRFRTRAAEV 401: VRLADLLDEA KDRSKAALIE RGKDKEWSPE ELDQIAEAVG YGALKYADLK TNRITGYTFS FDQMLNDKGD TAVYLLYAHA RICSIIRKSG KDIDELKKTG 501: KIALDHAAER ALGLHLLQFA ETVEEACTTL LPNVLCKYLY YLSEEFTKFY SNCQVNGSAE ETSRLLLCEA TAIVMRKCFH LLGITPVYKL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)