AT4G24500.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : hydroxyproline-rich glycoprotein family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
hydroxyproline-rich glycoprotein family protein; Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:12658732..12660211 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35053.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 319 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEDSEKRKQM LKAMRMEAAA QNDDDATTGT ETSMSTGHLS NPLAETSNHQ QDSFETQRFD YYTDPMAAYS SFKKNKTPKQ QYISSPSHQG SSPVPPQFPP 101: SVPPGSLCSE YQAQTNHGGF HAAHYEPRGM AHLSPSHRGP PAGWNNNFRP PPVNHSGPPQ WVPRPFPFSQ EMPNMGNNRF GGRGSYNNTP PQFSNYGRQN 201: ANWGGNTYPN SGRGRSRGRG MNTSFGRDGG RRPMEPGAER FYSNSMAEDP WKHLKPVLWK NCSDASSSSS TGQAWLPKSI APKKSVTSEA THKTSSNQQS 301: LAEYLAASLD GATCDESSN |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)