AT4G14950.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SNARE associated Golgi protein family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
SNARE associated Golgi protein family; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endoplasmic reticulum; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SNARE associated Golgi protein (InterPro:IPR015414); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT1G05360.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:8545517..8547722 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45850.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 416 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGSAGVASSS SDVAISALRE KHEKEVENLT LTTQPLNTLK LFVEATIQYI KRSISYLLAH GGWFILITTL LVVSGGLLVT VDGPHGKHVE EVLEYVRYGL 101: WWIALGVASS IGLGSGLHTF VLYLGPHIAL FTLKATLCGR VDLKSAPYDT IQLKRVPSWL DKSCSEFGPP LMISAAGSRV PLTSILPQVQ LEAILWGIGT 201: ALGELPPYFI SRAASISGST VDGMEELDGS STEDSGFMAT HLNRVKRWLL THSQHLNFFT VLVLASVPNP LFDLAGIMCG QFGIPFWEFF LATLIGKAII 301: KTHIQTIFII CVCNNQLLDW MENELIWILS HVPGLASMLP GLTAKLHAMK EKYIDAPSPV PSHIKVKKWD FSFASIWNGI VWLMLLNFFV KIVTATAQRH 401: LKKKQEKEMA TLTHSD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)