AT3G60800.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 0.998 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DHHC-type zinc finger family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
DHHC-type zinc finger family protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, DHHC-type (InterPro:IPR001594); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DHHC-type zinc finger family protein (TAIR:AT4G22750.1); Has 5091 Blast hits to 5089 proteins in 250 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2186; Fungi - 767; Plants - 823; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1315 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:22467486..22469273 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34690.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 307 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MHRSGTTMAW NVFKFCTALR GLGSIMILLV LGVVGVTYYA VVLTNYGPAL SQGGLDSLAA LTILILFHFL LAMLLWSYFS VVFTDPGVVP PNWRPSTDEE 101: RGESDPLNSL DFVGLQSDSS SSNPRVRFCR KCNQLKPSRC HHCSVCGRCV LKMDHHCVWV VNCVGALNYK YFLLFLFYTF LETTLVTLVL MPHFIAFFSD 201: EEIPGTPGTL ATTFLAFVLN LAFALSVMGF LIMHISLVAG NTTTIEAYEK KTTTKWRYDL GKKKNFEQVF GMDKRYWLIP GYTEEDLRRM PELQGLEYPS 301: KPDFDSQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)