AT4G12910.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : serine carboxypeptidase-like 20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
serine carboxypeptidase-like 20 (scpl20); FUNCTIONS IN: serine-type carboxypeptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: vacuole; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase S10, serine carboxypeptidase (InterPro:IPR001563), Peptidase S10, serine carboxypeptidase, active site (InterPro:IPR018202); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: serine carboxypeptidase-like 21 (TAIR:AT3G25420.1); Has 4118 Blast hits to 3857 proteins in 425 species: Archae - 0; Bacteria - 294; Metazoa - 699; Fungi - 932; Plants - 1620; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 573 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:7550576..7553051 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55835.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 497 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSIITMVWLM KVFVFVTLLS LVFVITESAP ESALITKLPG FEGTFPSKHY SGYVTIDKEH GKNLWYYFIE SEKNPSKDPV VLWLNGGPGC SSMDGFVYEH 101: GPFNFELPKK NNSLPLLHLN PYSWSKVSNI IYLDSPVGVG FSYSNNKSDY ITGDIKTAVD SHAFLLKWFQ MFPEFQSNPF FISGESYAGV YVPTLASEVV 201: IGNKNGVKPA LNFKGYLVGN GVADPKFDGN AFVPFAHGMG LISDELFENV TKACKGNFYE IEGLECEEQY TKVNDDTNQL NIYNILEPCY HGTSLSAFDI 301: RSLPSSLLQL GKTEKRLPIR KRMFGRAWPV RAPVHPGIVP SWSQLLADVT VPCIDDRVAT AWLNDPEIRK AIHTKEESEI GRWELCSGKL SFYHDAGSMI 401: DFHRNLTLSG YRALIYSGDH DMCVPFTGSE AWTKSLGYKV IDEWRAWISN DQVAGYTQGY ANNLTFLTIK GAGHTVPEYK PREALDFYSR FLEGSKI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)