AT5G33290.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 ASURE: golgi What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : xylogalacturonan deficient 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Acts as a xylogalacturonan xylosyltransferase within the XGA biosynthesis pathway. Involved in pectin biosynthesis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
xylogalacturonan deficient 1 (XGD1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Exostosin-like (InterPro:IPR004263); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Exostosin family protein (TAIR:AT3G42180.1); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:12558439..12561840 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 56603.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 500 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAAPRSRRCS LSLLTLFSIT LILISVSLFV STKPANKPFL DYRNQFSISI SISSPLEQNT TNTSFVSASP PLSPLGQSNT TNTILASSSS SSSFSDHQNQ 101: NKSPSPTSKK IVIRKRSGLD KIESDLAKAR AAIKKAASTQ NYVSSLYKNP AAFHQSHTEM MNRFKVWTYT EGEVPLFHDG PVNDIYGIEG QFMDEMCVDG 201: PKSRSRFRAD RPENAHVFFI PFSVAKVIHF VYKPITSVEG FSRARLHRLI EDYVDVVATK HPYWNRSQGG DHFMVSCHDW APDVIDGNPK LFEKFIRGLC 301: NANTSEGFRP NVDVSIPEIY LPKGKLGPSF LGKSPRVRSI LAFFAGRSHG EIRKILFQHW KEMDNEVQVY DRLPPGKDYT KTMGMSKFCL CPSGWEVASP 401: REVEAIYAGC VPVIISDNYS LPFSDVLNWD SFSIQIPVSR IKEIKTILQS VSLVRYLKMY KRVLEVKQHF VLNRPAKPYD VMHMMLHSIW LRRLNLRLGT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)