AT4G10770.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.563 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : oligopeptide transporter 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
oligopeptide transporter | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
oligopeptide transporter 7 (OPT7); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tetrapeptide transporter, OPT1/isp4 (InterPro:IPR004648), Oligopeptide transporter OPT superfamily (InterPro:IPR004813); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: oligopeptide transporter 1 (TAIR:AT4G27730.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:6628646..6632517 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 86140.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 766 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEESEQVLPL LTNPKDLTNP SYASSSSSSS EPRDETEDLL LPISDENEEE EEENSPIRQV ALTVPTTDDP SLPVLTFRMW VLGTLSCILL SFLNQFFWYR 101: TEPLTISAIS AQIAVVPLGR LMAAKITDRV FFQGSKWQFT LNPGPFNVKE HVLITIFANA GAGSVYAIHV VTVVKAFYMK NITFFVSFIV IVTTQVLGFG 201: WAGIFRKYLV EPAAMWWPAN LVQVSLFRAL HEKEERTKGG LTRTQFFVIA FVCSFAYYVF PGYLFQIMTS LSWVCWFFPS SVMAQQIGSG LHGLGVGAIG 301: LDWSTISSYL GSPLASPWFA TANVGVGFVL VIYVLVPICY WLDVYKAKTF PIFSSSLFSS QGSKYNITSI IDSNFHLDLP AYERQGPLYL CTFFAISYGV 401: GFAALSATIM HVALFHGREI WEQSKESFKE KKLDVHARLM QRYKQVPEWW FWCILVTNVG ATIFACEYYN DQLQLPWWGV LLACTVAIIF TLPIGIITAI 501: TNQAPGLNII TEYIIGYIYP GYPVANMCFK VYGYISMQQA ITFLQDFKLG HYMKIPPRTM FMAQIVGTLI SCFVYLTTAW WLMETIPNIC DSVTNSVWTC 601: PSDKVFYDAS VIWGLIGPRR IFGDLGLYKS VNWFFLVGAI APILVWLASR MFPRQEWIKL INMPVLISAT SSMPPATAVN YTTWVLAGFL SGFVVFRYRP 701: NLWQRYNYVL SGALDAGLAF MGVLLYMCLG LENVSLDWWG NELDGCPLAS CPTAPGIIVE GCPLYT |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)