AT4G12980.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Auxin-responsive family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Auxin-responsive family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Uncharacterised conserved protein UCP037471 (InterPro:IPR017214), Cytochrome b561, eukaryote (InterPro:IPR004877), Protein of unknown function DUF568, DOMON-like (InterPro:IPR007613), DOMON related (InterPro:IPR005018), Cytochrome b561/ferric reductase transmembrane (InterPro:IPR006593); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Auxin-responsive family protein (TAIR:AT3G25290.2); Has 675 Blast hits to 673 proteins in 107 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 91; Fungi - 93; Plants - 473; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 14 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:7589670..7591074 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42231.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 394 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDSSYLRISL SFLFWALLLS PAVSQSSSCS SQTFSGVKSY PHCLDLPDLK AILHYSYDAS NTTLAVVFSA PPSKPGGWIA WAINPKSTGM AGSQALVASK 101: DPSTGVASVT TLNIVSYSSL VPSKLSFDVW DVKAEEAAND GGALRIFAKV KVPADLAASG KVNQVWQVGP GVSNGRIQAH DFSGPNLNSV GSLDLTGTTP 201: GVPVSGGGGA GNSRIHKRNI HGILNAVSWG LLFPIGAMIA RYMRIFESAD PAWFYLHVSC QFSAYVIGVA GWATGLKLGS ESKGIQYNTH RNIGICLFSI 301: ATLQMFAMLL RPRKDHKFRF VWNIYHHGVG YSILILGIIN VFKGLSILNP KHTYKTAYIA VIGTLGGITL LLEVVTWVIV LKRKSAKSTK PLKA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)