AT4G04570.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 0.798 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : cysteine-rich RLK (RECEPTOR-like protein kinase) 40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a cysteine-rich receptor-like protein kinase. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cysteine-rich RLK (RECEPTOR-like protein kinase) 40 (CRK40); FUNCTIONS IN: kinase activity; INVOLVED IN: protein amino acid phosphorylation; LOCATED IN: endomembrane system; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Serine/threonine-protein kinase domain (InterPro:IPR002290), Protein of unknown function DUF26 (InterPro:IPR002902), Serine/threonine-protein kinase-like domain (InterPro:IPR017442), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Tyrosine-protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR020635); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cysteine-rich RLK (RECEPTOR-like protein kinase) 39 (TAIR:AT4G04540.1); Has 125358 Blast hits to 123774 proteins in 4712 species: Archae - 112; Bacteria - 14520; Metazoa - 45965; Fungi - 10999; Plants - 34725; Viruses - 448; Other Eukaryotes - 18589 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:2290045..2292717 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 73239.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 654 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGKCSALMIF LSSSLLLVLQ TLHVVNAVKC FGNSFNGNSS TFAQNRQKLF PTLADKVIIN DGFYNASLGQ DPDKVYALVS CARGYDQDAC YNCVQSLTQN 101: TLTDCRSRRD SFIWGGNDDV TCLVRSSNQS TFGSVQLKPP VVWPSPDTIE SSKNITLFKQ QWEEMVNRTL EAATKAEGSS VLKYYKAEKA GFTEFPDVYM 201: LMQCTPDLSS RDCKQCLGDC VMYFRKDYMG RKGGMASLPS CYFRWDLYSF HNAFDNVTRV PAPPPRPHAQ EKESCITVKK GKSIGYGGII AIVVVFTFIN 301: LLVFIGFIKV YARRGKLNNV GSAEYSDSDG QFMLRFDLGM IVMATDDFSS ENTLGQGGFG TVYKGTFPNG QEVAVKRLTK GSGQGDMEFK NEVSLLTRLQ 401: HKNLVKLLGF CNEGDEEILV YEFVPNSSLD HFIFDEDKRS LLTWEVRFRI IEGIARGLLY LHEDSQLKII HRDLKASNIL LDAEMNPKVA DFGTARLFDS 501: DETRAETKRI AGTRGYMAPE YLNHGQISAK SDVYSFGVML LEMISGERNN SFEGEGLAAF AWKRWVEGKP EIIIDPFLIE NPRNEIIKLI QIGLLCVQEN 601: STKRPTMSSV IIWLGSETII IPLPKAPAFT WIRSQSESGA MSLSDDVFTE LSCR |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)