AT1G11350.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : S-domain-1 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
S-domain-1 13 (SD1-13); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Curculin-like (mannose-binding) lectin (InterPro:IPR001480), Apple-like (InterPro:IPR003609), Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), PAN-2 domain (InterPro:IPR013227), Serine/threonine-protein kinase domain (InterPro:IPR002290), Serine-threonine/tyrosine-protein kinase (InterPro:IPR001245), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), S-locus glycoprotein (InterPro:IPR000858), Tyrosine-protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR020635); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: S-locus lectin protein kinase family protein (TAIR:AT1G11330.1); Has 125042 Blast hits to 123367 proteins in 4403 species: Archae - 116; Bacteria - 13667; Metazoa - 45426; Fungi - 11021; Plants - 35654; Viruses - 452; Other Eukaryotes - 18706 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:3817725..3820752 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 93239.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 830 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGCLLILLLT LICFSLRLCL ATDVITFSSE FRDSETVVSN HSTFRFGFFS PVNSTGRYAG IWFNNIPVQT VVWVANSNSP INDSSGMVSI SKEGNLVVMD 101: GRGQVHWSTN VLVPVAANTF YARLLNTGNL VLLGTTNTGD EILWESFEHP QNIYLPTMSL ATDTKTGRSL KLRSWKSPFD PSPGRYSAGL IPLPFPELVV 201: WKDDLLMWRS GPWNGQYFIG LPNMDYRINL FELTLSSDNR GSVSMSYAGN TLLYHFLLDS EGSVFQRDWN VAIQEWKTWL KVPSTKCDTY ATCGQFASCR 301: FNPGSTPPCM CIRGFKPQSY AEWNNGNWTQ GCVRKAPLQC ESRDNNDGSR KSDGFVRVQK MKVPHNPQRS GANEQDCPES CLKNCSCTAY SFDRGIGCLL 401: WSGNLMDMQE FSGTGVVFYI RLADSEFKKR TNRSIVITVT LLVGAFLFAG TVVLALWKIA KHREKNRNTR LLNERMEALS SNDVGAILVN QYKLKELPLF 501: EFQVLAVATN NFSITNKLGQ GGFGAVYKGR LQEGLDIAVK RLSRTSGQGV EEFVNEVVVI SKLQHRNLVR LLGFCIEGEE RMLVYEFMPE NCLDAYLFDP 601: VKQRLLDWKT RFNIIDGICR GLMYLHRDSR LKIIHRDLKA SNILLDENLN PKISDFGLAR IFQGNEDEVS TVRVVGTYGY MAPEYAMGGL FSEKSDVFSL 701: GVILLEIVSG RRNSSFYNDG QNPNLSAYAW KLWNTGEDIA LVDPVIFEEC FENEIRRCVH VGLLCVQDHA NDRPSVATVI WMLSSENSNL PEPKQPAFIP 801: RRGTSEVESS GQSDPRASIN NVSLTKITGR |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)