AT4G27300.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 0.540 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : S-locus lectin protein kinase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
S-locus lectin protein kinase family protein; FUNCTIONS IN: in 6 functions; INVOLVED IN: protein amino acid phosphorylation, recognition of pollen; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Curculin-like (mannose-binding) lectin (InterPro:IPR001480), PAN-2 domain (InterPro:IPR013227), Apple-like (InterPro:IPR003609), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), S-locus glycoprotein (InterPro:IPR000858), Serine-threonine/tyrosine-protein kinase (InterPro:IPR001245), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: S-locus lectin protein kinase family protein (TAIR:AT4G27290.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:13669308..13672348 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 91879.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.89 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 815 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MREIHSLFSL SLFLISSSLS VALDYNVITP KEFLKDGDTL SSPDQVFQLG FFSLDQEEQP QHRFLGLWYM EPFAVVWVAN RNNPLYGTSG FLNLSSLGDL 101: QLFDGEHKAL WSSSSSSTKA SKTANNPLLK ISCSGNLISS DGEEAVLWQS FDYPMNTILA GMKLGKNFKT QMEWSLSSWK TLKDPSPGDF TLSLDTRGLP 201: QLILRKNGDS SYSYRLGSWN GLSFTGAPAM GRENSLFDYK FTSSAQEVNY SWTPRHRIVS RLVLNNTGKL HRFIQSKQNQ WILANTAPED ECDYYSICGA 301: YAVCGINSKN TPSCSCLQGF KPKSGRKWNI SRGAYGCVHE IPTNCEKKDA FVKFPGLKLP DTSWSWYDAK NEMTLEDCKI KCSSNCSCTA YANTDIREGG 401: KGCLLWFGDL VDMREYSSFG QDVYIRMGFA KIEFKGREVV GMVVGSVVAI AVVLVVVFAC FRKKIMKRYR GENFRKGIEE EDLDLPIFDR KTISIATDDF 501: SYVNFLGRGG FGPVYKGKLE DGQEIAVKRL SANSGQGVEE FKNEVKLIAK LQHRNLVRLL GCCIQGEECM LIYEYMPNKS LDFFIFDERR STELDWKKRM 601: NIINGVARGI LYLHQDSRLR IIHRDLKAGN VLLDNDMNPK ISDFGLAKSF GGDQSESSTN RVVGTYGYMP PEYAIDGHFS VKSDVFSFGV LVLEIITGKT 701: NRGFRHADHD LNLLGHVWKM WVEDREIEVP EEEWLEETSV IPEVLRCIHV ALLCVQQKPE DRPTMASVVL MFGSDSSLPH PTQPGFFTNR NVPDISSSLS 801: LRSQNEVSIT MLQGR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)