AT3G63000.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : NPL4-like protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
NPL4-like protein 1 (NPL41); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NPL4 (InterPro:IPR007717); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Nuclear pore localisation protein NPL4 (TAIR:AT2G47970.1); Has 398 Blast hits to 398 proteins in 186 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 128; Fungi - 123; Plants - 67; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 80 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:23283836..23285357 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46499.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 413 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTMLRVRSRD GLERVSVDGP HITVSQLKTL IQDQLQIPIH NQTLSTNRNL LLAKSPSDFL AFTDMADPNL RISSLNLAHG SMVYLAYEGE RTIRGGPAVT 101: PAGSFGRKMT VEDLIARQMR VGRQEKAHCD SVSFDRDCAN AFQHFVNESL AFAVKRGGFM YGNVSEDGQV EVNFIYEPPQ QGMEDNLILM RDSEEEKRVD 201: AIALGLGMRR VGFIFNQTVT QDKKEYTLSN VEVLLAAQLH AESELKEWVT AVVKLEINED GGADVHFEPF QMSDMCVRLF KEGWFETEIG PEDDPKLSKL 301: KKEVVVGVKD VKEVDNDFFL VLVKILDHQG PLSCTFPIEN RNTQTTMRAL KTHMERARSL PFVKRISDFH LLLFVAQFLD VSSDVPALAE CVRLQSHVPE 401: GYELLIDSMA NTS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)