AT3G55830.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Nucleotide-diphospho-sugar transferases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
A member of the Glycosyltransferase Family 64, homologous to Poplar cambium-expressed GT64 gene. The EPC1 protein plays a critical role during plant development in maintaining the integrity of organs via cell-cell adhesion, thereby providing mechanical strength and facilitating the movement of metabolites throughout the plant. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ECTOPICALLY PARTING CELLS (EPC1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: EXTL2, alpha-1,4-N-acetylhexosaminyltransferase (InterPro:IPR015338); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: glycosyltransferase family protein 47 (TAIR:AT5G04500.1); Has 655 Blast hits to 655 proteins in 91 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 500; Fungi - 8; Plants - 105; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 42 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:20715101..20717133 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38301.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 334 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGGGEVSKEM GACSLAYRRG DQKLRKFVTA RSTKFLLFCC IAFVLVTIVC RSSRPWVNSS IAVADRISGS RKGYTLLMNT WKRYDLLKKS VSHYASCSRL 101: DSIHIVWSEP NPPSESLKEY LHNVLKKKTR DGHEVELRFD INKEDSLNNR FKEIKDLKTD AVFSIDDDII FPCHTVDFAF NVWESAPDTM VGFVPRVHWP 201: EKSNDKANYY TYSGWWSVWW SGTYSMVLSK AAFFHKKYLS LYTNSMPASI REFTTKNRNC EDIAMSFLIA NATNAPAIWV KGKIYEIGST GISSIGGHTE 301: KRTHCVNRFV AEFGKMPLVY TSMKAVDSRN LWFW |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)