AT3G51460.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Phosphoinositide phosphatase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes RHD4 (ROOT HAIR DEFECTIVE4), a phosphatidylinositol-4-phosphate phosphatase required for root hair development. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ROOT HAIR DEFECTIVE4 (RHD4); FUNCTIONS IN: phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 5-phosphatase activity, phosphatidylinositol-4-phosphate phosphatase activity; INVOLVED IN: root hair cell tip growth; LOCATED IN: plasma membrane of cell tip, plasma membrane; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Synaptojanin, N-terminal (InterPro:IPR002013); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Phosphoinositide phosphatase family protein (TAIR:AT5G66020.1); Has 1757 Blast hits to 1639 proteins in 227 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 573; Fungi - 593; Plants - 286; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 305 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:19093007..19097142 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 68241.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 597 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: METVDSRNKL HSRLRLWEFP DQYIIEPADG SGSSCLDISR VDASMKLIDQ VPESNSVRVP KIRSIFGVVG MLKLLAGSYL VVVTESERVG SFLGHPIFKV 101: TTLKVLPCDH SLKNSPEEQK KMETEFSKLL SVAEKTTGLY FSYEVNLTLS SQRLHEMGDE SKSLPLWRQA EPRFLWNNYM LEVLIDNKLD QFLLPVIQGS 201: FNSFETAIGR DIVDITLIAR RCTRRNGTRM WRRGADLDGY VANFVETEQI VQMNGYTSSF VQVRGSMPFM WEQVVDLTYK PKFEIVQPEE AKRIAERHFL 301: DLRKKYGSVL AVDLVNKQGG EGRLCEKYAT VMQHITGDDI RYLHFDFHQI CGHIHFERLS ILYEQIEGFL EKNGYFLLNE KGEKMKEQLG VVRSNCIDCL 401: DRTNVTQSMI GRKMLEVQLK RIGVFGAEET ISSHLNFDEH YKILWANHGD EISIQYSGTP ALKGDFVRYG HRTAHGVLKD GWSSLRRYYL NNFADGTKQD 501: AIDLLQGHYI VAVSRDMAPV PQKGGLEAVA NFPVALFVVL MSFWFATMSL KQTGSDYKHK HLFFSLLWTG ICVGMAALVR ANGRIFCNRP RLHKPRG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)