AT3G49500.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.500 nucleus 0.500 ASURE: cytosol,nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNA-dependent RNA polymerase 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes RNA-dependent RNA polymerase. Involved in trans-acting siRNA and other siRNA biogenesis. Required for post-transcriptional gene silencing and natural virus resistance. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RNA-dependent RNA polymerase 6 (RDR6); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA-dependent RNA polymerase, eukaryotic-type (InterPro:IPR007855); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA-dependent RNA polymerase 1 (TAIR:AT1G14790.1); Has 633 Blast hits to 609 proteins in 113 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 73; Fungi - 284; Plants - 204; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 70 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:18349193..18353205 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 136936.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1196 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MGSEGNMKKS VVTQVSIGGF GESTTAKQLT DYLEDEVGIV WRCRLKTSWT PPGSYPNFEI ADTSNIPSID EYKKVEPHAF VHFAVFESAG RAMDAAGQCN 0101: LILDGQPLKV SLGPKNPYSL NQRRRTTVPY KLAGITLEIG TLVSRDDFFV SWRAEGVDFL VDPFDNTCKF CFRKSTAFSF KDAVMHAVIN CDYKLELLVR 0201: DIQTVRQYKT LHGFVLILQL ASSPRVWYRT ADDDIYDTVP GDLLDDDDPW IRTTDFTQVG AIGRCHSYRV LISPRYENKL RTALDYFRMR RVQEERVRWP 0301: PRIRNEPCFG EPVSDHFFCI HHKEGISFEI MFLVNSVLHR GVFNQFQLTE RFFDLLRNQP KDVNIASLKH LCTYKRPVFD AYKRLKLVQE WIQKNPKLLG 0401: SHEQSEDISE IRRLVITPTR AYCLPPEVEL SNRVLRRYKA VAERFLRVTF MDESMQTINS NVLSYFVAPI VKDLTSSSFS QKTYVFKRVK SILTDGFKLC 0501: GRKYSFLAFS ANQLRDRSAW FFAEDGKTRV SDIKTWMGKF KDKNVAKCAA RMGLCFSSTY ATVDVMPHEV DTEVPDIERN GYVFSDGIGT ITPDLADEVM 0601: EKLKLDVHYS PCAYQIRYAG FKGVVARWPS KSDGIRLALR DSMKKFFSKH TILEICSWTR FQPGFLNRQI ITLLSVLGVP DEIFWDMQES MLYKLNRILD 0701: DTDVAFEVLT ASCAEQGNTA AIMLSAGFKP KTEPHLRGML SSVRIAQLWG LREKSRIFVT SGRWLMGCLD EAGILEHGQC FIQVSKPSIE NCFSKHGSRF 0801: KETKTDLEVV KGYVAIAKNP CLHPGDVRIL EAVDVPQLHH MYDCLIFPQK GDRPHTNEAS GSDLDGDLYF VAWDQKLIPP NRKSYPAMHY DAAEEKSLGR 0901: AVNHQDIIDF FARNLANEQL GTICNAHVVH ADRSEYGAMD EECLLLAELA ATAVDFPKTG KIVSMPFHLK PKLYPDFMGK EDYQTYKSNK ILGRLYRRVK 1001: EVYDEDAEAS SEESTDPSAI PYDAVLEIPG FEDLIPEAWG HKCLYDGQLI GLLGQYKVQK EEEIVTGHIW SMPKYTSKKQ GELKERLKHS YNSLKKEFRK 1101: VFEETIPDHE NLSEEEKNIL YEKKASAWYH VTYHPEWVKK SLELQDPDES SHAAMLSFAW IAADYLARIK IRSREMGSID SAKPVDSLAK FLAQRL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)