AT3G49420.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 0.915 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Got1/Sft2-like vescicle transport protein family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Got1/Sft2-like vescicle transport protein family; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: vesicle-mediated transport; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: male gametophyte, pollen tube; EXPRESSED DURING: M germinated pollen stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Vesicle transport protein, Got1/SFT2-like (InterPro:IPR007305); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Got1/Sft2-like vescicle transport protein family (TAIR:AT5G01430.2); Has 450 Blast hits to 450 proteins in 189 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 163; Fungi - 112; Plants - 96; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 79 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:18329855..18331070 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 15987.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 140 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMSFEMNDRK KIGLGLTGFG VFFSFLGIVF VFDKGLLAMG NILFISGVSL TIGFKSTMQF FMKRQNYKGT ISFGVGFFFV IIGWPILGMM LETYGFFVLF 101: SGFWPTLAVF AQKIPVLGWI IQQPYIRSFF DKYRGKRVPV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)