AT3G48740.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : Nodulin MtN3 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
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Computational Description (TAIR10) |
Nodulin MtN3 family protein; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system, integral to membrane, membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: MtN3/saliva-related transmembrane protein, conserved region (InterPro:IPR018169), RAG1-activating protein 1 homologue (InterPro:IPR018179), RAG1-activating protein-1-related (InterPro:IPR004316); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: homolog of Medicago truncatula MTN3 (TAIR:AT5G23660.1); Has 1006 Blast hits to 953 proteins in 116 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 236; Fungi - 0; Plants - 627; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 141 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr3:-:18052814..18054663 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 31922.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 9.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | 0.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 289 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSLFNTENTW AFVFGLLGNL ISFAVFLSPV PTFYRIWKKK TTEGFQSIPY VVALFSATLW LYYATQKKDV FLLVTINAFG CFIETIYISM FLAYAPKPAR 101: MLTVKMLLLM NFGGFCAILL LCQFLVKGAT RAKIIGGICV GFSVCVFAAP LSIIRTVIKT RSVEYMPFSL SLTLTISAVI WLLYGLALKD IYVAFPNVLG 201: FALGALQMIL YVVYKYCKTS PHLGEKEVEA AKLPEVSLDM LKLGTVSSPE PISVVRQANK CTCGNDRRAE IEDGQTPKHG KQSSSAAAT |
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See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)