AT5G23660.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : homolog of Medicago truncatula MTN3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
homolog of the Medicago nodulin MTN3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
homolog of Medicago truncatula MTN3 (MTN3); INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system, integral to membrane, membrane; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: MtN3/saliva-related transmembrane protein, conserved region (InterPro:IPR018169), RAG1-activating protein 1 homologue (InterPro:IPR018179), RAG1-activating protein-1-related (InterPro:IPR004316); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Nodulin MtN3 family protein (TAIR:AT3G48740.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:7971936..7973796 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 31488.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 285 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MALFDTHNTW AFVFGLLGNL ISFAVFLSPV PTFYRICKKK TTEGFQSIPY VVALFSAMLW LYYATQKKDV FLLVTINSFG CFIETIYISI FVAFASKKAR 101: MLTVKLLLLM NFGGFCLILL LCQFLAKGTT RAKIIGGICV GFSVCVFAAP LSIIRTVIKT KSVEYMPFSL SLTLTISAVI WLLYGLALKD IYVAFPNVIG 201: FVLGALQMIL YVVYKYCKTP SDLVEKELEA AKLPEVSIDM VKLGTLTSPE PVAITVVRSV NTCNCNDRNA EIENGQGVRN SAATT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)