AT3G26900.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : shikimate kinase like 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
shikimate kinase like 1 (SKL1); FUNCTIONS IN: shikimate kinase activity, ATP binding; INVOLVED IN: aromatic amino acid family biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast stroma, chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Shikimate kinase (InterPro:IPR000623); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: shikimate kinase 1 (TAIR:AT2G21940.5); Has 3815 Blast hits to 3815 proteins in 1373 species: Archae - 6; Bacteria - 2903; Metazoa - 33; Fungi - 1; Plants - 140; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 732 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:9912314..9914424 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30475.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 280 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEIFSASASL TLTGFVPRLL PLLSPQARTT LCKPLLSSSS TRLISCHSRI APSRSLADQS ASTGISVVDS DPIDVVKRKA MDIAPELKGA SIFLVGINNS 101: IKTNTGKLLA EALRYYYFDS DNLITEAAGG NVSAQALKEA DEKAFQESET EVLKQLSSMG RLVVCAGDGA VQSLRNLALL RHGISIWIDV PLDITAKGDD 201: DSFHSEPSPE LFDTLKASYE KSRKGYETAD VSISLEKIAT KLEFEDLEAV TSEDIALEIL KEIEKLTRVK KMMEEASRPF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)