AT3G22170.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : far-red elongated hypocotyls 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
A component of the PHYA signaling network, mediates the FR-HIR response to far-red light in concert with FAR1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
far-red elongated hypocotyls 3 (FHY3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: MULE transposase, conserved domain (InterPro:IPR018289), Transcription factor, FAR1-related (InterPro:IPR004330), Zinc finger, PMZ-type (InterPro:IPR006564), Zinc finger, SWIM-type (InterPro:IPR007527), Glycoside hydrolase, family 10 (InterPro:IPR001000); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: FRS (FAR1 Related Sequences) transcription factor family (TAIR:AT4G15090.1); Has 1557 Blast hits to 1407 proteins in 50 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 7; Fungi - 102; Plants - 1437; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 11 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:7822359..7825414 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 96001.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 839 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDIDLRLHSG DLCKGDDEDR GLDNVLHNEE DMDIGKIEDV SVEVNTDDSV GMGVPTGELV EYTEGMNLEP LNGMEFESHG EAYSFYQEYS RAMGFNTAIQ 101: NSRRSKTTRE FIDAKFACSR YGTKREYDKS FNRPRARQSK QDPENMAGRR TCAKTDCKAS MHVKRRPDGK WVIHSFVREH NHELLPAQAV SEQTRKIYAA 201: MAKQFAEYKT VISLKSDSKS SFEKGRTLSV ETGDFKILLD FLSRMQSLNS NFFYAVDLGD DQRVKNVFWV DAKSRHNYGS FCDVVSLDTT YVRNKYKMPL 301: AIFVGVNQHY QYMVLGCALI SDESAATYSW LMETWLRAIG GQAPKVLITE LDVVMNSIVP EIFPNTRHCL FLWHVLMKVS ENLGQVVKQH DNFMPKFEKC 401: IYKSGKDEDF ARKWYKNLAR FGLKDDQWMI SLYEDRKKWA PTYMTDVLLA GMSTSQRADS INAFFDKYMH KKTSVQEFVK VYDTVLQDRC EEEAKADSEM 501: WNKQPAMKSP SPFEKSVSEV YTPAVFKKFQ IEVLGAIACS PREENRDATC STFRVQDFEN NQDFMVTWNQ TKAEVSCICR LFEYKGYLCR HTLNVLQCCH 601: LSSIPSQYIL KRWTKDAKSR HFSGEPQQLQ TRLLRYNDLC ERALKLNEEA SLSQESYNIA FLAIEGAIGN CAGINTSGRS LPDVVTSPTQ GLISVEEDNH 701: SRSAGKTSKK KNPTKKRKVN PEQDVMPVAA PESLQQMDKL SPRTVGIESY YGTQQSVQGM VQLNLMGPTR DNFYGNQQTM QGLRQLNSIA PSYDSYYGPQ 801: QGIHGQGVDF FRPANFSYDI RDDPNVRTTQ LHEDASRHS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)