AT5G11530.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : embryonic flower 1 (EMF1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Involved in regulating reproductive development | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
embryonic flower 1 (EMF1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:3697140..3700930 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 121677.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.82 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1096 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MGSSIKINSI SIDLAGAANE IDMVKCDHFS MRGFVAETRE RDLRKCWPFS EESVSLVDQQ SYTLPTLSVP KFRWWHCMSC IKDIDAHGPK DCGLHSNSKA 0101: IGNSSVIESK SKFNSLTIID HEKEKKTDIA DNAIEEKVGV NCENDDQTAT TFLKKARGRP MGASNVRSKS RKLVSPEQVG NNRSKEKLNK PSMDISSWKE 0201: KQNVDQAVTT FGSSEIAGVV EDTPPKATKN HKGIRGLMEC DNGSSESINL AMSGLQRRKS RKVRLLSELL GNTKTSGGSN IRKEESALKK ESVRGRKRKL 0301: LPENNYVSRI LSTMGATSEN ASKSCDSDQG NSESTDSGFD RTPFKGKQRN RRFQVVDEFV PSLPCETSQE GIKEHDADPS KRSTPAHSLF TGNDSVPCPP 0401: GTQRTERKLS LPKKKTKKPV IDNGKSTVIS FSNGIDGSQV NSHTGPSMNT VSQTRDLLNG KRVGGLFDNR LASDGYFRKY LSQVNDKPIT SLHLQDNDYV 0501: RSRDAEPNCL RDFSSSSKSS SGGWLRTGVD IVDFRNNNHN TNRSSFSNLK LRYPPSSTEV ADLSRVLQKD ASGADRKGKT VMVQEHHGAP RSQSHDRKET 0601: TTEEQNNDDI PMEIVELMAK NQYERCLPDK EEDVSNKQPS QETAHKSKNA LLIDLNETYD NGISLEDNNT SRPPKPCSSN ARREEHFPMG RQQNSHDFFP 0701: ISQPYVPSPF GIFPPTQENR ASSIRFSGHN CQWLGNLPTV GNQNPSPSSF RVLRACDTCQ SVPNQYREAS HPIWPSSMIP PQSQYKPVSL NINQSTNPGT 0801: LSQASNNENT WNLNFVAANG KQKCGPNPEF SFGCKHAAGV SSSSSRPIDN FSSESSIPAL HLLSLLDPRL RSTTPADQHG NTKFTKRHFP PANQSKEFIE 0901: LQTGDSSKSA YSTKQIPFDL YSKRFTQEPS RKSFPITPPI GTSSLSFQNA SWSPHHQEKK TKRKDTFAPV YNTHEKPVFA SSNDQAKFQL LGASNSMMLP 1001: LKFHMTDKEK KQKRKAESCN NNASAGPVKN SSGPIVCSVN RNPADFTIPE PGNVYMLTGE HLKVRKRTTF KKKPAVCKQD AMKQTKKPVC PPTQNA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)