AT1G06230.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : global transcription factor group E4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
This gene is predicted to encode a bromodomain-containing protein. Plant lines expressing RNAi constructs targeted against GTE4 show some resistance to agrobacterium-mediated root transformation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
global transcription factor group E4 (GTE4); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Bromodomain (InterPro:IPR001487); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DNA-binding bromodomain-containing protein (TAIR:AT1G17790.1); Has 9656 Blast hits to 6188 proteins in 362 species: Archae - 8; Bacteria - 274; Metazoa - 4793; Fungi - 1365; Plants - 669; Viruses - 49; Other Eukaryotes - 2498 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:1907626..1910183 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 84099.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.77 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 766 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASEPVNGGE GIDGAREKQI IKVYKRKGKG QRKQSSFFAL EAAIEKPEGL LENENDNNDV SPAETLAPEF EDPIVVVKNS IEEAALGTNS HGDKNLTEAP 101: SENLPGDDSD KVIDKPLVEA FSQAQPQDDA SLAAMDKSEE VPSQIPKAQD DVNTVVVDEN SIKEPPKSLA QEDVTTVIVD KNPIEAPSQT LSLEDGDTLV 201: VDKNPIEVSS EEDVHVIDAD NLIKEAHPEN FVERDTTDAQ QPAGLTSDSA HATAAGSMPM EEDADGRIRI HVASTTKQQK EEIRKKLEDQ LNVVRGMVKK 301: IEDKEGEIGA YNDSRVLINT GINNGGGRIL SGFASAGLPR EVIRAPRPVN QLSISVLENT QGVNEHVEKE KRTPKANQFY RNSEFLLGDK LPPAESNKKS 401: KSSSKKQGGD VGHGFGAGTK VFKNCSALLE RLMKHKHGWV FNAPVDVKGL GLLDYYTIIE HPMDLGTIKS ALMKNLYKSP REFAEDVRLT FHNAMTYNPE 501: GQDVHLMAVT LLQIFEERWA VIEADYNREM RFVTGYEMNL PTPTMRSRLG PTMPPPPINV RNTIDRADWS NRQPTTTPGR TPTSATPSGR TPALKKPKAN 601: EPNKRDMTYE EKQKLSGHLQ NLPPDKLDAI VQIVNKRNTA VKLRDEEIEV DIDSVDPETL WELDRFVTNY KKGLSKKKRK AELAIQARAE AERNSQQQMA 701: PAPAAHEFSR EGGNTAKKTL PTPLPSQVEK QNNETSRSSS SSSSSSSSSS SDSDSDSSSS SGSDQT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)