AT3G18090.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : nuclear RNA polymerase D2B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a subunit of RNA polymerase IV (aka RNA polymerase D). NRPD2b is closely related to NRPD2a, but has lower levels of transcription and does not affect endogenous siRNA when mutated. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
nuclear RNA polymerase D2B (NRPD2B); FUNCTIONS IN: DNA-directed RNA polymerase activity, ribonucleoside binding, DNA binding; INVOLVED IN: transcription; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: leaf; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 (InterPro:IPR007120), RNA polymerase Rpb2, domain 7 (InterPro:IPR007641), RNA polymerase, beta subunit, protrusion (InterPro:IPR007644), DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 (InterPro:IPR015712), RNA polymerase Rpb2, domain 3 (InterPro:IPR007645), RNA polymerase Rpb2, domain 2 (InterPro:IPR007642), RNA polymerase Rpb2, domain 4 (InterPro:IPR007646), RNA polymerase, beta subunit, conserved site (InterPro:IPR007121), RNA polymerase Rpb2, domain 5 (InterPro:IPR007647); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: nuclear RNA polymerase D2A (TAIR:AT3G23780.2); Has 34356 Blast hits to 27293 proteins in 9050 species: Archae - 497; Bacteria - 15729; Metazoa - 585; Fungi - 7161; Plants - 2537; Viruses - 228; Other Eukaryotes - 7619 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:6195323..6200204 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 118975.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1055 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MACRLQNMTY SARIKVNAQV EVFKKIVIKH DKFKTGQDEY VEKEILDVKK QDILIGSIPV MVKSVLCKTS EKGKENCKKG NCAFDQGGYF VIKGAEKVFI 0101: AQEQMCTKRL WISNSPWTVS FRSETKRNRF IVRLSENEKA EDYKIMEKVL TVYFLSTEIP VWLLFFALGV SSDKEAMDLI AFDGDDASIT NSLIASIHEA 0201: DAVCEAFRCG NNALTYVEHQ IKSTKFPPAE SVDDCLRLYL FPCLQGLKKK ARFLGYMVKC LLSAYAGKRK CENRDSFRNK RIELAGELLE REIRVHLAHA 0301: RRKMTRAMQK QLSGDGDLKP IEHYLDASVI TNGLNRAFST GAWSHPFRKM ERVSGVVANL GRANPLQTLI DLRRTRQQVL YTGKVGDARH PHPSHWGRVC 0401: FLSTPDGENC GLVKNMSLLG LVSTQGLESV VEMLFTCGME ELMNDTSTPL CGKHKVLLNG DWVGLCADSE SFVGELKSRR RQSELPLEME IKRDKDDNEV 0501: RIFTDAGRLL RPLLVVENLH KLKQDKPTQY PFKHLLDQGI LELIGIEEEE DCTTAWGIKQ LLKEPKNYTH CELDLSFLLG VSCAIVPFAN HDHGKRVLYQ 0601: SQKHCQQAIG FSSTNPNIRC DTLSQQLFYP QKPLFKTLAS ECLEKEVLFN GQNAIVAVNV HLGYNQEDSI VMNKASLERG MFRSEQIRSY KAEVDTKDSE 0701: KRKKMDELVQ FGKTYSKIGK VDSLEDDGFP FIGANMSTGD IVIGRCTESG ADHSIKLKHT ERGIVQKVVL SSNDEGKNFA AVSLRQVRSP CLGDKFSSMH 0801: GQKGVLGYLE EQQNFPFTIQ GIVPDIVINP HAFPSRQTPG QLLEAALSKG IACPIQKKEG SSAAYTKLTR HATPFSTPGV TEITEQLHRA GFSRWGNERV 0901: YNGRSGEMMR SLIFMGPTFY QRLVHMSENK VKFRNTGPVH PLTRQPVADR KRFGGIRFGE MERDCLIAHG ASANLHERLF TLSDSSQMHI CRKCKTYANV 1001: IERTPSSGRK IRGPYCRVCA SSDHVVRVYV PYGAKLLCQE LFSMGITLNF DTKLC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)