AT2G05210.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.997 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Nucleic acid-binding, OB-fold-like protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes AtPOT1a, an accessory factor for telomerase required for positive telomere length regulation. Note on nomenclature: different names have been given to Arabidopsis POT-like genes (Kuchar and Fajkus, 2004; Shakirov et al, 2005; Tani and Murata, 2005). According to a unifying nomenclature (Surovtseva et al, 2007), At2g05210 (previously named AtPOT1) is designated AtPOT1a, while At5g06310 (previously named AtPOT2) is designated AtPOT1b. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Protection of Telomeres 1a (AtPOT1a); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nucleic acid-binding, OB-fold-like (InterPro:IPR016027), Nucleic acid-binding, OB-fold (InterPro:IPR012340), Telomere end binding protein (InterPro:IPR011564); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Nucleic acid-binding, OB-fold-like protein (TAIR:AT5G06310.1); Has 103 Blast hits to 102 proteins in 42 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 19; Fungi - 4; Plants - 80; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:1891814..1894196 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 53926.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 467 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAKKRESPKL IKIKDAIKLI NQQVSLIGIV LEQREPKQCR NNDWICTLRI IDDTYPSPGL TVNVFSKTLE QLPQIKNHDD MILFTRIKMQ TFDSGERVNA 101: ACSRWVSSFA LFEGVDFVCY QCSTNFHEEE ALYKSAMDDL RKVFAGCSQV IKAMQSISYR TKPCSEVFSF LREIKIGKRF DLVCRILHAD EDTSAVFVWD 201: GTDAPPASIL AKRSEEDKAF SSLSVHTLLS RDVLLSFPTV GTILRVHLSS HLFYRVKPGD WVKLYHLLCE VDRGSWVIKV TSSTKVHHLA QDDRLVEKIM 301: RIYDKRLSSK LGHISFWCFP SPPGLTETDD NCAPFVTLMD IITFPKVTCK YRCIVRVVAA YPWQVEDFCS DENRRHHQVL LTLEDSTATL EAFLCNKDAE 401: YFWGLGFQDT ETLRKKRNWL LGIRESSNFV APRNPPWIEC CILSYYTNKA DPWNTRLYRI FGTRLLH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)