AT4G25600.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.693 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Oxoglutarate/iron-dependent oxygenase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Oxoglutarate/iron-dependent oxygenase; FUNCTIONS IN: oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, iron ion binding, L-ascorbic acid binding; INVOLVED IN: oxidation reduction; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit (InterPro:IPR006620), Metridin-like ShK toxin (InterPro:IPR003582); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Oxoglutarate/iron-dependent oxygenase (TAIR:AT3G28480.1); Has 1193 Blast hits to 1161 proteins in 233 species: Archae - 0; Bacteria - 285; Metazoa - 424; Fungi - 0; Plants - 372; Viruses - 8; Other Eukaryotes - 104 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:13060712..13062359 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 32174.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 291 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MACLSRIFLI LMITMSSSSP PFCSGGSRKE LRDKEITSKS DDTQASYVLG SKFVDPTRVL QLSWLPRVFL YRGFLSEEEC DHLISLRKET TEVYSVDADG 101: KTQLDPVVAG IEEKVSAWTF LPGENGGSIK VRSYTSEKSG KKLDYFGEEP SSVLHESLLA TVVLYLSNTT QGGELLFPNS EMKPKNSCLE GGNILRPVKG 201: NAILFFTRLL NASLDGKSTH LRCPVVKGEL LVATKLIYAK KQARIEESGE CSDEDENCGR WAKLGECKKN PVYMIGSPDY YGTCRKSCNA C |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)