AT3G17240.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : lipoamide dehydrogenase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
lipoamide dehydrogenase precursor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
lipoamide dehydrogenase 2 (mtLPD2); FUNCTIONS IN: dihydrolipoyl dehydrogenase activity, copper ion binding, cobalt ion binding, zinc ion binding, ATP binding; INVOLVED IN: response to cadmium ion; LOCATED IN: mitochondrion, chloroplast, mitochondrial respiratory chain complex I, mitochondrial matrix; EXPRESSED IN: 28 plant structures; EXPRESSED DURING: 17 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase (InterPro:IPR013027), Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site (InterPro:IPR012999), Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation (InterPro:IPR004099), FAD/NAD-linked reductase, dimerisation (InterPro:IPR016156), Dihydrolipoamide dehydrogenase (InterPro:IPR006258), Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, NAD-binding region (InterPro:IPR001327), Mercuric reductase (InterPro:IPR000815); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: mitochondrial lipoamide dehydrogenase 1 (TAIR:AT1G48030.2); Has 42670 Blast hits to 42637 proteins in 3263 species: Archae - 1164; Bacteria - 31277; Metazoa - 912; Fungi - 500; Plants - 625; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 8192 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:5890278..5892166 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 53989.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 507 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAMASLARRK AYFLTRNISN SPTDAFRFSF SLTRGFASSG SDDNDVVIIG GGPGGYVAAI KAAQLGLKTT CIEKRGALGG TCLNVGCIPS KALLHSSHMY 101: HEAKHVFANH GVKVSSVEVD LPAMLAQKDT AVKNLTRGVE GLFKKNKVNY VKGYGKFLSP SEVSVDTIDG ENVVVKGKHI IVATGSDVKS LPGITIDEKK 201: IVSSTGALSL TEIPKKLIVI GAGYIGLEMG SVWGRLGSEV TVVEFAADIV PAMDGEIRKQ FQRSLEKQKM KFMLKTKVVG VDSSGDGVKL IVEPAEGGEQ 301: TTLEADVVLV SAGRTPFTSG LDLEKIGVET DKGGRILVNE RFSTNVSGVY AIGDVIPGPM LAHKAEEDGV ACVEFIAGKH GHVDYDKVPG VVYTYPEVAS 401: VGKTEEQLKK EGVSYNVGKF PFMANSRAKA IDTAEGMVKI LADKETDKIL GVHIMSPNAG ELIHEAVLAI NYDASSEDIA RVCHAHPTMS EAIKEAAMAT 501: YDKPIHM |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)