AT3G16270.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ENTH/VHS family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ENTH/VHS family protein; INVOLVED IN: intracellular protein transport; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: VHS (InterPro:IPR002014), Epsin, N-terminal (InterPro:IPR001026), ENTH/VHS (InterPro:IPR008942); Has 168 Blast hits to 159 proteins in 72 species: Archae - 0; Bacteria - 9; Metazoa - 51; Fungi - 0; Plants - 44; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 64 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:5513701..5516540 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 74896.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 690 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDTSRRAVES YWRSRMIDAV TSDEDKVAPV YKLEEICDLL RSSHVSIVKE FSEFILKRLD NKSPIVKQKA LRLIKYAVGK SGSEFRREMQ RNSVAVRNLF 101: HYKGHPDPLK GDALNKAVRE TAHETISAIF SEENGTKPAA PESINRRIEG FGNTNFQVPS NDNKSFLSEV VGIGSASIKQ GISNFAQGHL PKKNENGSSS 201: YRGPNLHRSL TMENENFSRY DPVKLGKDGN YGTSKNTTGG SWGHASGEAS ESSASVRVES KTREEKLLET IVTSGGVRLQ PTRDALHVFI LEAAKMDAVA 301: LSIALDGKLH SPMWQVRMKA LCVLEAILRK KEDENFSIVH TYFSENLDAI QRCAESPQSS LREKANKVLS LLNGGQSSGL MSSSDNTVKR EAAVDLPDLI 401: DTGDSDDTLN NLNAIDTGST VATAGPLMDD DWFGDSSDIG LSSSEKKTDD DPFADVSFHP NEEKESADDL FSGMTVGEKS AAVGGNHVPD LFDMFGSTAK 501: LEAEPKDAKN INDLMGSFSI DENNSNQKGS SSSTLPQDLF AMPSTTSHQA PENPVGGILG SQNPGFIQNT MLPGGVMPFN FPQGMMMNPA FASQPLNYAA 601: MASLLAQQQQ YLGNMSNFQQ FGNLNAQGSG NVLSMGTSGG NQSALPDIFQ PNFGNQAPTS TMNGSKKEDT RAFDFISDHL TSARDTKRVS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)