AT3G14050.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RELA/SPOT homolog 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RELA/SPOT homolog 2 (RSH2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Metal-dependent phosphohydrolase, HD subdomain (InterPro:IPR006674), Metal-dependent phosphohydrolase, HD domain (InterPro:IPR003607), RelA/SpoT (InterPro:IPR007685); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RELA/SPOT homolog 3 (TAIR:AT1G54130.1); Has 12447 Blast hits to 12322 proteins in 2456 species: Archae - 4; Bacteria - 8610; Metazoa - 164; Fungi - 55; Plants - 218; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 3394 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:4650902..4653514 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 79048.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 709 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVVATTIALY ASPPSSVCST PHQISCDLDL TSRSSSTSSS MASSPQKPIV GGLSSLFSSA SVKSSSSSSC SYSTGVDEFS SLRYDRSDDL KDLSFSSSFG 101: YSPAKFVNSF RRDHQSPISV LHGPVSCSCS PPMRMSRDRN LDGSFRLGAS GLFNGFVRKA LGSCVDYEFG SDSVLVDELT FPMEVDTIKP YARDLLRRAQ 201: LRHKIFNDES VIKAFYEAEK AHRGQMRASR DPYLQHCVET AMLLANIGAN STVVVAGLLH DTIDDSFMSY DYILRNFGAG VADLVEGVSK LSQLSKLARE 301: NNTACKTVEA DRLHTMFLAM ADARAVLIKL ADRLHNMKTL YALSPVKQQR FAKETLEIFA PLANRLGIST WKVQLENLCF KHLYPNQHNE MSTMLEDSFD 401: EAMITSAIEK LEQALKKAGI SYHVLCGRHK SLYSIYSKML KKKLTVDEIH DIHGLRLIVD NEGDCYKALG VVHSLWSEVP GKLKDYITHP KFNGYQSLHT 501: VVMDNGTVPL EVQIRTQEMH LQAEFGFAAH WRYKEGGCKY SSFVLQMVEW ARWVVTWHCE AMSKDRSSIS SSDSIKPPCK FPSHSEDCPA SYKPNSSQDG 601: PVYVIVIEND KMSVQEFPAS STVSDLLSRA GPGSSRWSMY GIPAKEELRP RLNQIPVSDL KWKLKMGDVV ELTPTIPDES LTEYREEIQR MYDRGLAFSR 701: PGTMVGWGS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)