AT3G13190.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Plant protein of unknown function (DUF827) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Plant protein of unknown function (DUF827); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF827, plant (InterPro:IPR008545); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Plant protein of unknown function (DUF827) (TAIR:AT5G55860.1); Has 29991 Blast hits to 19596 proteins in 1702 species: Archae - 469; Bacteria - 4655; Metazoa - 14295; Fungi - 2209; Plants - 1912; Viruses - 102; Other Eukaryotes - 6349 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:4240751..4241804 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35641.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 316 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATFHTVRDA VKLFDAGISG GKHLNKGQEE GVLVEETNLC LWNKEVNKLK EKIKNAVKTK IEALLELEEA KKTVEQLSQE LGIKRNMIND EKDLDLSSSV 101: RVVTSELGVA KESIHRVAEE ESELCMLMES LKLELQNVEK AHSELKEIEQ RERDHQAIED LKKETKDAKT QLSLLEEELK IAVFEAQEAK DAEEHARERL 201: NVAVLESDFR SLAVVKESAA EELTETEALR ACRDETLKTL EMSEREIEDI KAATQDALKK AEMAQEATIV VDVELKRRRK AASRILAESK MCAKSTKEVL 301: KSKPRSSSKE GCLVKC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)