AT2G42430.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description (TAIR10) | protein_coding : lateral organ boundaries-domain 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
LOB-domain protein gene LBD16. This gene contains one auxin-responsive element (AuxRE). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Computational Description (TAIR10) |
lateral organ boundaries-domain 16 (LBD16); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Lateral organ boundaries, LOB (InterPro:IPR004883); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: lateral organ boundaries-domain 29 (TAIR:AT3G58190.1); Has 917 Blast hits to 912 proteins in 22 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 917; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coordinates (TAIR10) | chr2:+:17663668..17665153 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 26466.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 7.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 245 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASSGNGTTA GTGSPCGACK FLRRKCASDC IFAPYFSSEQ GAARFAAIHK VFGASNVSKL LLNVPIHDRC EAVVTIAYEA QARLHDPVYG CVSHIFALQQ 101: QVAFLQSQVM QMKAQIAGHQ TSAAGDLRHS SESTNQFMTW QQTSVSPIGS AYSTPYNHHQ PYYGHVNPNN PVSPQSSLEE SFSNTSSDVT TTANVRETHH 201: QTGGGVYGHD GIGFHEGYPN KKRSVSYCSS DLGELQALAL RMMKN |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
See Also |
|
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)