AT1G13590.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : phytosulfokine 1 precursor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a phytosulfokine-alpha (PSK) precursor, a unique plant peptide growth factor first described in Asparagus. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
phytosulfokine 1 precursor (PSK1); FUNCTIONS IN: growth factor activity; INVOLVED IN: cell growth; LOCATED IN: extracellular matrix; EXPRESSED IN: root; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phytosulfokine (InterPro:IPR009438); Has 98 Blast hits to 98 proteins in 21 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 98; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:4647979..4648612 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 9653.54 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 87 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
1: MMKTKSEVLI FFFTLVLLLS MASSVILRED GFAPPKPSPT THEKASTKGD RDGVECKNSD SEEECLVKKT VAAHTDYIYT QDLNLSP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)