AT2G40170.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Stress induced protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a group 1 LEA gene that is activated by direct binding of ABI5 to its promoter and is involved in response to ABA. Is required for normal seed development. Involved in regulating the timing of dessication tolerance and rate of water loss during seed maturation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
LATE EMBRYOGENESIS ABUNDANT 6 (GEA6); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Late embryogenesis abundant protein, group 5, conserved site (InterPro:IPR022377), Stress induced protein (InterPro:IPR000389); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Stress induced protein (TAIR:AT3G51810.1); Has 212 Blast hits to 184 proteins in 37 species: Archae - 0; Bacteria - 6; Metazoa - 17; Fungi - 0; Plants - 189; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:16779792..16780167 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 9934.46 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 92 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
1: MASQQEKKQL DERAKKGETV VPGGTGGKSF EAQQHLAEGR SRGGQTRKEQ LGTEGYQQMG RKGGLSTGDK PGGEHAEEEG VEIDESKFRT KT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)